室内排水系统的任务是将自洗涤与卫生器具和生产设备排除的污水以及降落在屋面上的雨水、雪水迅速排到室外排水管道中去，同时药品生产的洁净要求需防止室外排水管道中的有害气体、臭气、有害虫灯进入室内，产生微生物污染，并为室外污水的处理和综合利用提供便利条件，因此洁净室的排水系统也极其重要的。